Montecristo ist mit einer Fläche von 10,4 km² die viertgrößte Insel des toskanischen Archipels und liegt am weitesten von der kontinentalen Küste entfernt, die etwa 63 km entfernt liegt.

Montecristo ist ein Granitmassiv, das bis zu 645 m hoch ist und im Monte della Fortezza seinen Höhepunkt erreicht. Ein kleiner Höhenzug führt nach Süden bis zur Cima dei Lecci (563 m).

In Bezug auf die Fauna ist die Montecristo-Ziege die auffallendste Präsenz, eine andere wichtige Küstenart ist die Noppe.